Es 1964, parroquia de San Nicolás en el Bronx. Un vibrante y carismático sacerdote, el padre Flynn está tratando de cambiar las estrictas normas del colegio, que han sido fieramente salvaguardadas por la hermana, una directora con mano de hierro que cree en el poder de la disciplina. Vientos de cambio político están barriendo la comunidad, y de hecho el colegio ha aceptado a su primer alumno negro, Donal Millar. Pero cuando la hermana James, le comenta a la hermana Aloysius sus sospechas de que el padre Flynn presta “demasiada atención” a Donald, la superiora comienza una cruzada para sacar a la luz la verdad y expulsar a Flynn del colegio por abusar del alumno. Sin una sola prueba aparte de su convicción moral, la hermana Aloysius comienza una batalla con el padre Flynn, que amenaza con desgarrar la comunidad con consecuencias irrevocables.
